ギリシア・サントリーニ島沖で起きた大規模な地震。それが、すべての始まりだった。 アレクサンダー大王が世界中から集めた財宝が眠る月の神殿が2300年ぶりに海底に姿を現わしたのだ。ララ・クロフト（アンジェリーナ・ジョリー）はアレクサンダー大王の像の胸に埋め込まれたメダリオンと、宙吊りの鉄の檻におさめられた黄金の珠を見つける。しかし、そこに急襲した謎の勢力に財宝は奪われてしまう。敵の黒幕は科学者ジョナサン・ライス博士（シアラン・ハインズ）だった！彼が手に入れようとしている究極の兵器??それはかつてアレクサンダー大王の軍隊が発見し「生命のゆりかご」と呼ばれる人類起源の地に隠された＜パンドラの箱＞だった。＜パンドラの箱＞を巡り、カザフスタン、中国、そしてアフリカへと、人類の起源に迫ると同時に、人類の未来を救う使命を担ったララの冒険がクライマックスを迎える！